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沈陽藥科大學開設的專業有：中藥資源與開發、中藥制藥、中藥學(日語強化班)、中藥學、藥學(理科基地班)、醫療產品管理、生物醫學工程、生物醫學工程（中外合作辦學）、食品質量與安全、葡萄與葡萄酒工程、食品科學與工程、藥學、藥學(日語強化班)(5年制)、藥學(英語強化班)(5年制)、藥物制劑、藥物分析、應用化學、制藥工程、環境科學、藥物化學、生物工程、臨床藥學、生物制藥、生物制藥（生命基地班）、藥事管理、市場營銷、工商管理。
國家級級特色專業：5個：藥學、制藥工程、藥物制劑、中藥學、生物工程。
省級(直轄市)級特色專業：2個：應用化學、市場營銷。
省重點、培育專業級特色專業：2個：中藥學、生物工程。
沈陽藥科大學1931年始建于江西瑞金，前身是在中國共產黨和毛主席領導關懷下創辦的中國工農紅軍衛生學校調劑班。1934年，學校跟隨紅軍長征，在兩萬五千里征途中歷練，邊走邊學，邊學邊戰，“馬背上的藥箱”精神與光榮傳承至今，為祖國革命事業和藥學事業發展培養了十多萬名藥學專門人才，是我國歷史最悠久的綜合性藥科大學。
學校始終以醫藥及相關行業發展需求為導向，圍繞學校辦學定位、突出藥學學科優勢、堅持藥學教育主線，適度拓展本科專業布局，持續優化本科專業結構，逐步形成了以藥為主，跨醫、工、理、管4個學科門類的本科專業結構布局。共設置21個本科招生專業、1個國際合作辦學專業、2個第二學士學位專業、6個成人本科專業。有國家基礎學科拔尖學生培養計劃2.0基地、國家理科基礎科學研究與教學人才培養基地、國家生命科學與技術人才培養基地；國家級一流本科專業建設點7個、國家級特色專業5個，省級一流本科專業建設點12個、省級示范和改革試點專業建設項目30余項。有國家級一流本科課程6門、國家級精品資源共享課8門、國家級精品課程8門、國家級雙語教學示范課2門，省級一流本科課程52門、省級精品開放課程19門、省級精品課程25門；國家級教學團隊3個、省級教學團隊8個；國家級人才培養模式創新實驗區1個；國家級實驗教學示范中心1個、國家級大學生校外實踐教育基地2個，省級實驗教學示范中心14個、省級大學生校外實踐教育基地15個、省級實踐教學項目10項；獲得國家級教學成果獎4項、省級52項。
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