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國家級級特色專業：3個：農業機械化及其自動化、動物醫學、臨床醫學。
1949年，中國人民解放軍解放新疆的進軍途中，第一兵團司令員王震指示創辦了中國人民解放軍第一兵團衛生學校（后來發展為石河子醫學院），成為石河子大學的前身。
2010年，全國普通高等學校畢業生預征工作先進集體。
