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上海交通大學醫學院開設的專業有：醫學試驗班(卓越醫學創新班)、臨床醫學(本博連讀)、臨床醫學、醫學技術類、口腔醫學、臨床醫學(本博連讀口腔醫學方向)、預防醫學（五年制）、護理學、生物醫學科學、兒科學"5+3"、臨床醫學（英語班）、臨床醫學(本博連讀法語班)、醫學檢驗技術（法語班）、食品衛生與營養學。
國家級級特色專業：5個：臨床醫學、口腔醫學、醫學檢驗技術、護理學、兒科學。
上海交通大學醫學院位于創新求索、文化薈萃、包容并蓄的黃浦腹地，紅墻映日、梧桐環繞。其前身是由圣約翰大學醫學院(1896-1952)、震旦大學醫學院(1911-1952)、同德醫學院（1918-1952)于1952年全國高等學校院系調整時合并而成的上海第二醫學院，1985年更名為上海第二醫科大學。1997年，學校通過了“211工程”立項。2005年7月，上海交通大學與上海第二醫科大學合并，成立了新的由教育部、上海市政府重點共建的上海交通大學醫學院，進入“985”高校行列。2010年11月，學院成為衛生部與教育部合作共建的第一批十個重點高校中的一員。兩校合并以來，上海交通大學醫學院充分發揮“部市共建”、“部部共建”的體制機制優勢，遵循綜合大學的發展規律和醫學學科的特殊規律，保持醫、教、研、管的相對完整性，不斷探索實踐在綜合性大學中發展醫學院的模式。
醫學院圍繞立德樹人的根本任務，深入推進醫學教育改革。全面貫徹落實全國和上海高校思想政治工作會議、全國教育工作會議精神，首推“健康中國”思政課程，打造“中國系列”課程品牌，通過理論授課、CBL案例教學、實踐教學等多種形式，組織全國勞模、新科院士、醫學大家等與師生面對面，依托“宣誓、授袍、緬懷、授帽、感恩”五項儀式教育，深化育人內涵，進一步加強醫學生社會主義核心價值觀培育。圍繞“卓越醫學創新人才”培養目標，搭好課上與課下、線上與線下、本科生與研究生三大互動平臺。深化“雙師聯動，協同育人”工作機制，整合班導師與新生導師工作制度，實施全程一貫制模式配備本科生班導師，構建全員育人、全過程育人、全方位育人的醫學思政教育體系。依托新媒體優化工作模式，通過“易班”、“微信公眾號”等平臺積極聯動，強化網絡思政育人功能。深化大學生心理健康教育服務功能，搭建心理健康服務“醫教結合”與“網格化”的關懷體系，建立心理疾患轉介綠色通道。建立全程性且有序銜接的職業生涯教育和就業指導服務體系，全面建設在線就業信息服務平臺。
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